Comenzó las carreras de Medicina y de Comunicación Audiovisual, aunque se acabó licenciando en Teoría de la Literatura y Literatura Comparada por la Universidad de Barcelona, donde es profesor asociado. También es profesor de narrativa en el Ateneo Barcelonés.

Borja Bagunyà ha obtenido numerosos reconocimientos literarios. Escribió su primera obra, Apunts per al retrat d’una ciutat, en 2004, y su libro de relatos Defensa pròpia (Proa) fue galardonado en 2007 con el Premio Mercè Rodoreda y con el Qwerty en la categoría de «Autor revelación». En 2011 publicó Plantes d’interior (Empúries).

Ponç Puigdevall escribió en El País: «Bagunyà no sería posible sin el trabajo de Quim Monzó, Pàmies y Empar Moliner, pero debemos felicitarnos de que aparezcan voces nuevas que se atrevan a transitar por zonas de la comedia humana de la literatura».

Borja es un autor que ha sabido construir un mundo propio, con una temática múltiple y diversa. Es, además, capaz de sumergirse en mundos completamente dispares con la misma habilidad. Su obra implica, a menudo, la exigencia de que el lector elabore un elemento imprescindible de la buena escritura.

Es un ejemplo de excelencia y talento, y su obra ha merecido los elogios de la crítica. Ha participado en la antología Voces (2010) y ha sido invitado a la Feria Internacional del Libro de Guadalajara (2011), al festival Kikinda Short (2012), al XXIII Festival de Poesía del Mediterráneo y a Kosmopolis 15. Actualmente es miembro del Grupo de Investigación de Literatura Comparada en el Espacio Intelectual Europeo. En 2016 fundó la Escuela Bloom con Lana Bastasic. Trabaja y vive en Barcelona.