La tradició familiar el va portar a optar per la medicina com a passió i com a professió, perquè el seu pare, el seu avi i les seves germanes grans també eren metges; ell va superar amb escreix totes les expectatives. Quan era als Estats Units, el van cridar per tornar a Espanya i engegar projectes de recerca, i actualment és cap de grup al Centre Nacional d’Investigacions Cardiovasculars Carlos III (CNIC), on, a més, exerceix el càrrec de director del Departament de Recerca Clínica. També és cardiòleg intervencionista i de cures coronàries a l’Hospital Universitari Fundació Jiménez Díaz.

Combinar l’activitat científica amb la clínica li ha permès conjugar la investigació de les causes amb el desenvolupament de teràpies, sotmetre-les a assaig i, un cop testades, aplicar-les en el tractament dels malalts.

Borja Ibáñez és el chairman de les guies de pràctica clínica de la Societat Europea de Cardiologia per al tractament de pacients amb infart agut de miocardi, l’investigador principal de l’assaig clínic REBOOT i una de les referències mundials en el camp de l’ateroesclerosi.