Cuando Javier Agüera cumplió diecinueve años, ya había fundado tres start-ups. La primera, en 2009, a los dieciséis años, fue GeeksPhone, una empresa centrada en la industria de la telefonía móvil que fundó junto a Rodrigo Silva-Ramos y que fue la primera empresa española y la primera europea en lanzar al mercado un smartphone basado en el sistema operativo Android de Google: el GeeksPhone One, comercializado en enero de 2010.

El objetivo de la compañía era ofrecer al usuario teléfonos inteligentes de gama alta a un precio asequible, eliminando intermediarios y haciendo participar en el diseño de los terminales a su comunidad de usuarios y desarrolladores. La concepción de los terminales se realizaba en una pequeña oficina con punto de venta y soporte en Madrid, y la fabricación se llevaba a cabo en China. En 2013 se convirtió en la primera empresa del mundo en desarrollar los terminales de referencia para Firefox OS, junto a Mozilla OS y un consorcio de operadores liderado por Telefónica.

En 2014, Javier cofundó Blackphone, pionera en el desarrollo de smartphones diseñados para proteger la privacidad de sus usuarios. Su primer terminal fue reconocido como uno los inventos más destacados del año por la revista Time y como una de las diez tecnologías que transformaron 2014 por MIT Technology Review. La empresa fue adquirida por la multinacional de ciberseguridad Silent Circle en 2015. Javier es también cofundador y miembro del consejo de Barbara IoT, spin-off de Blackphone que desarrolla en Madrid soluciones de conectividad industrial inteligente de alta seguridad.

Entre 2016 y 2019, desempeñó el cargo de VP Strategic Partnerships en la start-up francesa Snips.ai, hasta su adquisición por Sonos (Nasdaq:SONO) a finales de ese año.
En la actualidad, Javier centra su trabajo en desarrollar, con un enfoque humano, nuevas soluciones dirigidas a contrarrestar los problemas de soledad y dependencia creados por las nuevas tecnologías.