Cuando Javier Agüera cumplió diecinueve años, ya había fundado dos start-ups. La primera en 2009 fue Geeksphone, a los dieciséis años. Fundada junto a Rodrigo Silva-Ramos, fue la primera empresa europea en lanzar al mercado un smartphone basado en el sistema operativo Android de Google: el Geeksphone One, comercializado en enero de 2010.

El objetivo de la compañía era ofrecer al usuario teléfonos inteligentes de gama alta a un precio asequible, eliminando intermediarios y haciendo participar en el diseño de los terminales a su comunidad de usuarios y desarrolladores. Inicialmente, la concepción de los terminales se realizaba en una pequeña oficina con punto de venta y soporte en Madrid, y la fabricación se llevaba a cabo en China. En 2013 se convirtió en la primera empresa del mundo en desarrollar los terminales de referencia para Firefox OS, junto a la Fundación Mozilla y un consorcio de operadores liderado por Telefónica.

En 2014, Javier cofundó Blackphone, pionera en el desarrollo de smartphones diseñados para proteger la privacidad de sus usuarios. Su primer terminal fue reconocido como uno los inventos más destacados del año por la revista Time y como una de las diez tecnologías que transformaron 2014 por MIT Technology Review. La empresa fue adquirida por la multinacional de ciberseguridad Silent Circle en 2015. Javier es también socio y asesor de Barbara IoT, spin-off de Blackphone que desarrolla en Madrid soluciones de conectividad, Edge AI y seguridad inteligente para industrias críticas. Cofundó también Neupic con la misión de transformar el modelo económico del periodismo en zonas de conflicto mejorando los esquemas de distribución y retribución de periodistas autónomos.

Entre 2016 y 2019, desempeñó el cargo de Vicepresidente de Alianzas Estratégicas en la start-up francesa Snips.ai, hasta su adquisición por Sonos (Nasdaq:SONO) a finales de ese año.

Desde 2023, Javier es CEO y Co-fundador de su última start-up social, Pandora’s Way. Se trata de una plataforma basada en una metodología propietaria para guiar momentos de transición vital, como la entrada en la adolescencia, el divorcio, o la jubilación. Su primer producto ayuda a los padres a navegar junto a sus hijos la adopción de tecnologías como el smartphone y social media de manera saludable y adecuada a su estadío de desarrollo psicosocial.