La Fundación Tomillo ha recibido muchas muestras de reconocimiento a su labor en los distintos ámbitos. Como ejemplo de los últimos años, en 2018 obtuvo el Premio Cepsa al Valor Social por el programa Conect@ndo Oportunidades, el Premio Iberdrola Fin de la Pobreza, y el Premio Solidario del Seguro por el proyecto educativo «Crecer felices en familia». En 2017, la Fundación Banco Sabadell y la Fundación Ship2B le otorgaron el Premio B-Value Transforma. La iniciativa social Los Fogones de Tomillo fue galardonada en la 6.ª edición de los Premios Generacción, Impulso al Emprendimiento, promovidos por la Real Academia de Ingeniería, Deloitte y la Fundación COTEC, en la categoría Proyectos de Innovación Social, y la Red de Mentoring de España le otorgó el Reconocimiento a la Mejor Práctica de Mentoring Social por el programa dirigido a los jóvenes emprendedores durante el proceso de puesta en marcha y de consolidación de sus proyectos empresariales.

Anteriormente, es de destacar la Medalla de Plata al Mérito Social Penitenciario otorgada por el Ministerio del Interior en 2010 por la contribución a la mejora de la vida de los internos y la calidad del sistema penitenciario.